Справившись с Боузером и вернув покой в Бруклин, Марио думал, что настало время передышки. Однако покой оказался недолгим. Коварный союз банды Варио и Боузера-младшего приготовил новую угрозу. Их амбиции простирались далеко за пределы одного города — они задумали подчинить себе весь мир.
Теперь Марио не может действовать в одиночку. Рядом с ним верные друзья, готовые поддержать в любой схватке, и неутомимый компаньон Йоши. Вместе им предстоит пройти через череду опасных испытаний, разгадывать хитроумные ловушки и сражаться с приспешниками злодеев. Их общая цель — сорвать коварные планы альянса и не дать тем самым установить свою власть над каждой страной и каждым островом. Битва за будущее мира вступает в свою решающую фазу.